三、应纳税额的计算

　　(一)计算应纳税额的时间限定

　　增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。

　　超过90天未认证的发票不可以做作废处理，不可以退回重新开具。

　　增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。

　　实行海关进口增值税专用缴款书(以下简称海关缴款书)“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》(包括纸质资料和电子数据)申请稽核比对。

　　未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。

　　(二)计算应纳税额时进项税额不足抵扣的处理

　　根据税法规定，当期进项税额不足抵扣的部分可以结转下期继续抵扣。

　　(三)销货退回或折让涉及到销项税额和进项税额的税务处理

　　对于纳税人进货退出或折让而不扣减当期进项税额，造成不纳税或少纳税的，都将被认定为是偷税行为，并按偷税予以处罚。

　　(四)向供货方取得返还收入的税务处理

　　自2004年7月1日起，对商业企业向供货方收取的与商品销售量、销售额挂钩(如以一定比例、金额、数量计算)的各种返还收入，均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金。应冲减进项税金的计算公式调整为：

　　当期应冲减进项税金=当期取得的返还资金÷(1+所购货物适用增值税税率)×所购货物适用增值税税率

　　商业企业向供货方收取的各种返还收入，一律不得开具增值税专用发票。

　　(五)一般纳税人注销时进项税额的处理

　　一般纳税人注销或取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。